至於為何用這裡儲存屍體，除了這裡的溫度比起地面上要低了土幾度之外，更因為這裡的牆厚門堅，只有羅伯特一人有這裡門上的鑰匙，所以也不用擔心珍貴的屍體再被盜走，此時用來囚禁董雯潔，也是非常合適的場所。
董雯潔被按坐在一張特製的鐵椅子上，椅子的四隻腳都用鉚釘固定在了地磚上，董雯潔坐上去之後，她的腰部、大腿都被皮帶分別固定在椅背和椅面，雙腳也被分開綁在椅子的兩條前腿上，再加上原本身上的拘束衣，董雯潔就已經被死死地綁在了這張椅子上，根本沒有掙脫的可能。
椅面上有一個直徑大約為10英寸的圓形小孔，正對著董雯潔大屁股的中央，董雯潔可以直接通過這個圓孔進行排泄，椅子下面一般還會有一個便桶，這個設這是為了能夠將囚犯長時間綁在這張椅子上。
在確定董雯潔被綁牢之後，羅伯特博士就把同學們都支了出去，跟董雯潔進行了一場持續2個小時的談話，因為沒有第三人在場，所以我們只能從羅伯特博士的回憶錄中對這次談話內容進行“還原”。
剛開始董雯潔哭的很厲害，苦苦哀求羅伯特博士放過她，但博士“義正言辭”地告訴了董雯潔，她是被官方法庭判罰的死囚，死亡是無法避免的了，但她本來是要被裸體遊街后押上絞刑台，當著成千上萬人被吊起來絞死，而且董雯潔本身也是學醫的，自然知道絞死時身體會發生大小便失禁。
回憶錄中對隨後的一段對話進行了原文記錄，當然這也只是羅伯特博士的一家之言：羅伯特：“你一直是我最出色，也是最欣賞的學生，發生這種事情我很痛心，但人總有一死，既然你的死亡不可避免，為什麼不讓自己的死亡變得更有意義？” 羅伯特：“你是想羞恥地在絞刑台上結束生命，被萬千的人看到你大小便失禁的樣子，還是在手術台上，只有你最親愛的老師和同學。
” 羅伯特：“你只要想想，你可以用自己的身體，來解開人體科學的謎團，為更多普通的人帶來生的希望，難道不是很偉大嗎？” 羅伯特：“如果你同意作為活體教材，我們還可以以醫學院的名義，給你的政府和家庭送去感謝信，感謝你對人類科學作出的偉大貢獻。
” 回憶錄中記錄的都是羅伯特博士冠冕堂皇的說辭，但沒有提到董雯潔的任何回復，只是說經過了激烈的思想鬥爭，最終董雯潔接受了羅伯特博士的建議。
但是回憶錄中也提到，羅伯特博士對董雯潔進行的一些威脅，比如勸她不要想著自殺，她是沒有機會的，就算絕食，醫學院也可以對她進行插管餵食。
事實上，在那次談話之後，除了進食和上實驗課之外，董雯潔的嘴巴上都戴著一個牲畜用的口枷，連吞咽口水都不可能，更不用說咬舌自盡了——在第二天上午，愛丁堡醫學院進行了一場校史上著名的論戰，論戰的雙方是羅伯特博士為首一方，和艾蓮博士為首的一方，艾蓮博士也是董雯潔的老師，而且董雯潔在英國期間都是住在艾蓮家中，在三年的相處中，艾蓮深深地喜歡上了這個來自中國的美麗姑娘，尤其是她的勤奮好學，以及對憂國憂民的正義感和責任感。
當聽說董雯潔因為故意傷人被抓的時候，艾蓮動用了所有關係，希望能挽救她的性命，可在當時的環境下，一個外國女孩傷害了本國青年，這是足以引起民憤的事情，法庭最後還是不出意料地判處了董雯潔死刑。
可讓艾蓮沒想到的是，這個羅伯特不知道動用了什麼關係，竟然讓法庭同意將董雯潔送到醫學院處死，並且直接在醫學院接受解剖，這在醫學院的歷史上可是從來沒有先例的。
這次論戰的主題，自然是關於董雯潔的處置方案，羅伯特主張將董雯潔作為活體教學的教材，用作一些新興課題的研究和攻關，比如女人身體對疼痛的反應度、灌腸的壓力、電擊對身體的影響等等，因為英國對活體研究有著嚴格的限制，不要說用活人，就算用猴子之類的動物，都會遭遇非議和阻撓，而這次對董雯潔的研究，可能是愛丁堡醫學院歷史上最好的一個機會，如果順利，足以讓愛丁堡醫學院成為世界上頂級的醫學院。
相較羅伯特博士的慷慨激昂，艾娃一方的辯論就顯得薄弱了很多，她只是從道德層面出發，堅持醫學院沒有資格處死犯人，更何況是一名曾經的學生。
最終的結果沒有意外，五名校董一致同意了羅伯特博士對董雯潔的處理方案，並且授權他可以全權處理此事，其中一名校董在會後，還私下跟羅伯特博士預定了董雯潔的一隻乳房標本——被關押在停屍房，牢牢地鎖在椅子上、塞著嘴巴的董雯潔自然對剛剛發生的辯論無從得知，直到她看到羅伯特博士和幾個男同學再次出現在面前的時候，對自己的命運應該已經是心裡有數了。
根據多年後對當時一些男同學的採訪記錄，也許是已經認命的緣故，董雯潔在接下來的幾天里異常配合，甚至連對她身體的騷擾和侵犯都毫無反應，平時不要說碰她的乳房和屁股了，就算是碰到她的手，都會遭到怒斥。
而學校的試驗記錄也證實了這一點，其中有一場身體展示課記錄上寫到：董雯潔被帶到實驗教室之後，雖然雙手被捆綁，但還是主動爬到了診療台上，並按照要求撅起了臀部，教授通過阻道擴張器和肛門擴張器向新學生介紹了女性身體結構，整個過程董雯潔非常配合，沒有出現反抗跡象。
另一場灌腸實驗課記錄更是說明了問題：被反綁雙手的董雯潔按照灌腸的標準姿勢，蜷縮側躺在診療台上，為了準確記錄她被灌腸后的感受，教授允許取下了她的塞口器。
在灌入500CC液體時，董雯潔表示只是有些漲意，並無特別難受的感覺；在灌入1000CC后，董雯潔出現了虛汗、顫抖的微弱反應，但她表示還能忍受；在灌入2000CC后，董雯潔出現劇烈顫抖，開始乞求結束灌腸，教授命令我們用皮帶將她身體固定在診療台上，並且繼續實施灌腸；在灌入3000CC之後，董雯潔面部出現強烈的痛苦神情，而且哭求我們中止實驗，但教授仍不允許我們拔出單向閥，同時重新給董雯潔戴上了塞口器；再次灌入500CC之後，單向閥直腸內一側壓力過高，無法再繼續往裡注入，董雯潔開始出現翻白眼癥狀，意識也進入模糊，教授才同意拔出單向閥，允許董雯潔進行排泄。
不少男同學都提到，除了那一次公開課之外，羅伯特博士還私下裡給董雯潔做過好幾次灌腸實驗，因為當時在歐洲皇室貴族中間非常流行灌腸，但是因為對灌腸缺乏研究，經常出現灌腸導致胃腸紊亂、甚至腸穿孔的意外事件，所以對灌腸的研究也是當時的一門前沿學科，可是平時苦於沒有人願意做灌腸的實驗，現在有了董雯潔這樣一個再好不過的實驗品，一心要成名的羅伯特當然不能錯過這種機會。