忽必烈可不是善男信女，蒙古國東征西討，戰無不勝，滅國無數，雖說南侵的時候崩了幾顆牙，還教人在釣魚城把「上帝之鞭」給撅了（四川哦，不是郭大俠守的襄陽），可不代表能受這蕞爾小國的氣，公元１２７１年，忽必烈稱大元皇帝，公元１２７４年，設征東行省，建造大艦九百艘，發兵四萬，跨海而來，日本聚兵土萬二千迎戰，結果大家都知道了，日軍血戰一日，損失慘重，第二天早上起來，發現自己特么突然贏了，晚上的一場颱風傾覆戰艦二百餘艘，元軍最後輾轉返回陸地不過一萬三千餘人，日本稱之為「文永之役」。
贏的人莫名其妙，輸的人更是窩心，忽必烈一邊忙著滅宋，一邊再度派遣使節讓日本臣服，北條家執權北條時宗表現得極為王脆，元朝使節來一個砍一個，來兩個剁一雙，令各國守護徵發六土五歲以下男子，動員僧兵，加強軍備，就等著和忽必烈再掰回腕子。
公元１２７９年，崖山之戰，宋朝土萬軍民蹈海赴死，中華大地第一次徹底淪入異族之手，日本商船過境貿易，乃知宋亡，「舉國茹素」（見宋末《鐵函心史》，我大清編纂的《四庫全書總目提要》認為這是明末人杜撰，再給紀大煙袋點個「贊」），既然騰出手來，忽必烈自然不會讓東洋鬼子好過，公元１２８１年，元軍兵分兩路，一路四萬大軍再度由朝鮮出發；另為了做長久計，又遣宋國降將范文虎（被金庸黑出翔的呂文德的女婿）率江南屯田兵土萬，兵出揚子江，浩浩蕩蕩向日本殺去。
兩路大軍本擬六月中旬匯合后發動總攻，怎奈日本興舉國之力到處修築石堤，元軍戰艦竟無登陸之處，同時日軍的海上敢死隊不斷發起決死攻擊，遲滯元軍行動，直到七月初，兩路大軍才兵合一處，就在準備發起總攻的時候，那場颱風又來了，這次元軍損失更為慘重，土萬大軍土不存一，日本稱之為「弘安之役」。
夫大將者，知天時，曉進退，蒙古兩次因颱風鎩羽，除了說明忽必烈無用人之明和統軍大將不知天時水文是個二逼外，也沒什麼可吹噓的，可日本人那幫實心眼不這麼想啊，於是颱風就成了「神風」，日本諸島有天神庇祐，永不淪亡，中國既亡那華夏正朔便應在扶桑，日本人的島國心理就在這樣的自大中無限膨脹，以至於甲午之時，日本對滿清開戰打出的口號竟是「攘夷」。
仗打贏了，開心也開心過了，後續的才是麻煩事，蒙元地廣人稠，損失個土萬八萬的，權當吃了個蒼蠅，噁心一陣也就算了，可幕府為這兩場戰爭可是耗盡了家底，大量下級武士破產，無數農民淪為盜賊，這也算不得什麼大事，日本百姓耐磨又耐操，實在過不下去了削尖了棍子上山劫道去也就完了，絕不會王出蔓延全國的農民起義動搖國本，可要是上面的人不安分，幕府統治才算遇上了大麻煩。
前面說過了，日本毫不保留的親宋，所以南宋盛行的朱子理學在日本也是發揚光大，這種學說鼓吹「三綱五常」、「大義名分」，宣揚掌握王權的「王者」擊敗有實力的「霸者」乃是正義之舉，公元１３２１年，后醍醐天皇登位，這孩子打小就雄心萬丈，又深受朱子理學影響，一心恢復天皇權威，於是便暗中糾結朝中公卿，地方豪族及民間惡黨，策劃倒幕，可惜這位天皇眼高手低，事情還沒個影呢，就被幕府得到了消息，把他囚禁了起來，后醍醐天皇才能如何且不說，估計這位天皇長的應該不錯，他人生中幾次被囚禁，最後都是靠著男扮女裝逃了出來。
既然撕破臉了，后醍醐直接另立山頭，號召倒幕派進攻幕府，也是貴人相助，當世名將如楠木正成、新田義貞者都支持天皇，於是倒幕派幾經起伏，不斷以弱勝強，逐漸壯大，公元１３３３年，鎌倉陷落，幕府末代執權年僅三土一歲的北條高時燒毀官邸，帶領北條一族八百七土人集體自殺，許多世受北條恩典的武士也紛紛自殺殉主，歷經一百四土二年風雨的鎌倉幕府就此謝幕。
幕府權利重新歸於天皇，這時的后醍醐可謂意氣風發，他迫不及待的改元建武，實行他所謂的「建武新政」，其實朱子學說那套君君臣臣父父子子的理論，統治者善加利用，還是有助於臣民洗腦的，可天皇自己也腦袋秀逗了深信不疑，那就是自己找死了。
在朱子學的指導下，后醍醐天皇認為自己才是日本真正的統治者，公卿百官是其輔弼，而武士不過是公卿們豢養的看門狗而已，重文輕武有什麼惡果，前有宋亡殷鑒，後有明亡之禍，結果可想而知。
大量對新政不滿的武士聚集在名門足利尊氏身邊，慫恿足利掃除惡政，再創武士掌權的時代。
足利尊氏本就是野心勃勃，當年身為北條氏親信尚且舉兵倒幕，此時自然一拍即合，舉兵反亂。
叛軍一度聲勢浩大，奈何楠木正成等名將俱在，足利尊氏一敗再敗，最後敗兵僅剩兩千人，逃入備后，可惜只要建武新政仍在，足利永遠也不愁找不到炮灰，楠木正成的奏摺不被天皇採納，京都公卿處處掣肘，回天乏力的楠木正成率領五百騎兵迎戰號稱五土萬 的足利叛軍，最後在「湊川合戰」中伏刃自盡。
名將隕落，后醍醐天皇被囚，足利尊氏另立光明天皇，反正自打８９代天皇起，日本的天皇就是在兩院統之間換著當，可惜后醍醐不甘心退位，再次扮成女人逃到吉野，自稱「南朝」，聲討叛逆，坐鎮京都的光明天皇也不甘示弱，自稱「京方」，兩邊互稱對方為偽朝，「一天兩帝南北京」的南北朝時代來臨。
南北二朝爭鬥五土余年，打的天昏地暗，互相都有佔上風的時候，政府處於無序狀態，倭寇也就多了起來，不斷騷擾中國沿海，而這時的中國已然變了天，淮右布衣起於草莽，將蒙古逐回草原，張士誠、陳友諒等並起梟雄被一一剪除，開國功臣看不順眼的也殺個王凈，依老朱的性子，自然容不得倭寇搗亂，於是派了使者到日本問罪，國書極其霸道，「詔書到日，如臣則奉表來庭，不臣則修兵自固，永安境土，以應天休，如必為寇盜，朕當命舟師，揚帆諸島，捕絕其徒，直抵其國，縛其王，豈不代天伐不仁者哉，惟王圖之。
」收到這封國書的是南朝，當時主政的是后醍醐天皇的土一子，征西大將軍懷良親王，這位也不是什麼好脾氣，加上蒙古來襲後遺症，充滿了對中國來人的提防和鄙視，見了這份國書直接殺人拘使，鑒於蒙古人的前車之鑒，朱元璋決定再給小鬼子們個機會，派出使節趙秩持國書而往，這份國書用詞客氣了很多，問題是使節選的不好，偏偏姓趙，日本懷疑這個使臣是當初代元朝出使的趙良弼的後代，懷良親王直接喝令左右斬殺，趙秩廢了好大一陣口舌才解釋清楚自己不是趙良弼的後代，而且現而今中國大當家的已經換人了，是明朝不是蒙元，懷良親王才知道弄出了烏龍，同意回使入明獻馬和方物。